Les différences entre les quechua I et II sont surtout d'ordres lexical et phonologique; le système grammatical et la syntaxe sont assez similaires. Le quechua est une langue à tendance agglutinante qui procède par juxtaposition de suffixes sur une base tantôt verbale tantôt nominale. Ces suffixes expriment soit des valeurs grammaticales soit des valeurs sémantiques. A titre d'exemple, le quechua de Cuzco comporte une centaine de suffixes. A la plupart de ces suffixes ne correspond qu'un seul signifié ce qui rend la langue assez transparente. Comme Georges Dumézil l'avait déjà remarqué, le quechua est structurellement très proche du turc. Les dialectes quechua II (parlés au nord et au sud) ont visiblement reçu l'influence d'une langue de substrat (assimilation massive d'un vocabulaire d'origine aymara pour le quechua cuzconien) ayant entraîné une modification lexicale mais également phonologique importante. Idem pour le quechua équatorien qui garde des traces des langues qu'il a remplacées. D'une façon générale, on peut dire que les dialectes quechua I sont probablement plus proches de la protolangue telle qu'on peut la reconstruire aujourd'hui. Il existe également de nombreux phénomènes de simplifications dans le quechua II parce que ce dialecte a surtout servi de langue véhiculaire.